L’edificio del battistero in epoca cromaziana (fine IV secolo d.C.) era dotato sui lati nord e sud di due porticine da cui si passava agli ambienti laterali, forse destinati all’istruzione dei catecumeni o ad altre funzioni liturgiche. Il pavimento musivo dell’ambiente meridionale è stato messo in luce ed ora è visitabile con accesso dal battistero. Il campo centrale, bordato da un fregio di tralci fioriti, è suddiviso in ottagoni in cui sono raffigurati agnelli pascenti e coppe di offerte risalenti al IV-V sec. d.C. Ai lati si apprezzano decorazioni musive di forma geometrica. Dalla parete emerge con forza il lacerto di mosaico raffigurante un pavone e proveniente dal nartece della basilica. La presenza di sarcofagi testimonia come, in età medievale, il sito venne utilizzato come luogo di sepoltura.
