A nord-est del complesso basilicale si trovano i resti dell’antico e monumentale porto fluviale. Aquileia doveva la sua importanza proprio ai commerci che la vedevano come punto di incontro e di scambio di merci dal nord, dall’est e da tutto il bacino del Mediterraneo. I resti visibili oggi non riescono a far comprendere al visitatore la grandezza della struttura originaria e l’ampiezza (fino a 60 metri) che il fiume derivante dalla confluenza del Natiso cum Turro aveva in epoca romana. Oggi si possono ammirare gran parte delle banchine, delle strutture di attracco, le fondamenta dei magazzini e le tracce delle vie che dal porto conducevano al vicino foro.
Sono ancora ben visibili sulle banchine i resti delle mura costruite a difesa della città durante i turbolenti anni di fine impero.
Gli scavi che hanno riportato alla luce il porto sono stati condotti negli anni Trenta del secolo scorso e risale a quel periodo la suggestiva passeggiata, chiamata “Via Sacra”, realizzata per smaltire la terra di risulta. Questa permette anche di collegare la località di Monastero (Museo Paleocristiano) con il complesso basilicale.